王友琴1952年出生于中国北京。1968年毕业于北京师范大学附属女子中学，文革期间曾作为知青下放云南。高考恢复后，1979年她以全国高考文科第一名的成绩考入北京大学中文系，1988年获得中国社科院文学博士学位。

1988年赴美国，曾在斯坦福大学教授中文，1999年前往美国芝加哥大学，现为芝加哥大学东亚研究中心教授（Senior Instructional Professor in Chinese Language）。

王友琴以研究中国文化大革命而知名，她也是最早研究和揭露1966年“红八月”期间学生（红卫兵）打死老师事件的学者之一，其中包括知名的卞仲耘（北京师范大学附属女子中学前副校长）和宋彬彬事件

2022年6月3日，获中国民主教育基金会特别贡献奖，以表彰多年采访、收集、整理、出版中国文化大革命受难者的卓越贡献。